甲基化在維持正常細胞功能、遺傳印記、X染色體失活、胚胎發(fā)育、衰老以及疾病的發(fā)生起著極其重要的作用。近日，Illumina推出了 Infinium Methylation EPIC v2.0（Illumina 935K甲基化芯片），該產(chǎn)品是Illumina Methylation EPIC v1.0（illumina 850K甲基化芯片）的升級版本，該芯片包括超過935,000個CpG位點，**限度地兼容Illumina 850K甲基化芯片的情況下，935K甲基化芯片在原850K甲基化芯片的基礎(chǔ)上經(jīng)過評估，將850K甲基化芯片中性能較差的探針移除和替換。同時增加了186000個CpG位點，包含靶向增強子、超級增強子、CTCF結(jié)合位點、CNV檢測區(qū)域以及850K甲基化芯片上未充分覆蓋的CpG島和常見的癌癥驅(qū)動突變。此外，935K甲基化芯片還增加了經(jīng)ATAC-Seq和ChIP-Seq實驗鑒定的染色質(zhì)開放區(qū)域，同時注釋基因版本從HG19更新到HG38以及GenoCode數(shù)據(jù)庫的更新，該款芯片不僅是適合篩選分子標志物的一款芯片，同時也是一款適合復(fù)雜疾病基因組關(guān)聯(lián)分析研究的（EWAS）的最新款甲基化芯片。

我們用細胞系樣本進行實驗，每一株細胞系進行4重復(fù)，用于檢測Illumina 935K甲基化芯片的穩(wěn)定性，從illumina平臺質(zhì)控數(shù)據(jù)、以及差異分析等多方面驗證這款新產(chǎn)品的適用性以及公司檢測的穩(wěn)定性。

基于批次校正之后的矩陣表，基于ChAMP包的champ.DMP函數(shù)進行差異甲基化位點DMP分析，配對樣本使用等方差雙尾配對t檢驗。對于計算結(jié)果的p值，使用Benjamini & Hochberg 方法進行多重假設(shè)檢驗，減少假陽性。我們主要基于差異甲基化位點的染色體分布圖、散點圖、火山圖、熱圖以及TSS上下游甲基化分布圖來展示差異位點。

將差異甲基化位點在各染色體上進行展示。展示形式上考慮了探針的疏密程度。圖中黃色點和藍色點分別代表Δβ>0和Δβ<0的CpGs，峰越高代表Δβ值越大，峰越寬代表該區(qū)段差異的甲基化位點越多。

差異甲基化位點在火山圖上的展示，散點圖用于展示組間的差異CpGs。圖中橫縱坐標分別代表control和case組，左上方紅色位點代表高甲基化的位點，右下方紅色位點代表低甲基化的位點。

火山圖用于展示組間差異CpGs的Δβ和顯著程度，圖中橫坐標為Δβ值，縱坐標為P值或adj.P值的負對數(shù)。圖中右上區(qū)域和左上區(qū)域分別代表紅色點代表高甲基化位點和綠色位點代表低甲基化的位點且具有統(tǒng)計學(xué)差異的位點。

  熱圖用于查看組間和組內(nèi)樣本相似程度。我們挑選差異甲基化位點進行繪制熱圖，下圖左展示是使用β值直接進行繪圖的熱圖結(jié)果，下圖右展示使用z-score標化后繪制熱圖結(jié)果。

  TSS上下游甲基化分布圖。我們提取差異甲基化位點相關(guān)信息，分析轉(zhuǎn)錄起始位點TSS上下游5kb的組間甲基化差異。