產品介紹：

真菌基因組測序，可分為真菌基因組掃描、真菌基因組精細圖和真菌基因組重測序。

真菌基因組掃描，即通過高通量測序技術，對已有參考基因組或無參的真菌樣本進行測序，獲得真菌基因組框架圖的研究。并可基于真菌基因組框架圖開展基因功能注釋、比較基因組學及系統進化研究。

真菌基因組精細圖測序，即從頭測序，是指不需要任何現有的序列信息就可以對某個真菌物種進行測序，利用生物信息學分析手段對序列進行拼裝，目前常用二代測序結合三代測序，可獲得基因組精細圖，下游可基于真菌基因組精細圖開展基因功能注釋、比較基因組學及系統進化研究。

真菌基因組重測序，基于已知參考基因組的真菌物種進行高通量測序研究，一般重點關注基因組變異（SNP、InDel等）情況，亦可進行群體研究。可關注大量的單核苷酸多態性位點（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結構變異（Structure Variation，SV）等變異信息。

真菌基因組測序可以預測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機制，已取代傳統方法成為研究細菌進化遺傳機制、關鍵功能基因的重要工具。

技術優勢：

擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺，實驗周期短，質量可靠；

擁有多種測序平臺和強大的計算機資源，提供**的測序解決方案和快速的數據分析平臺；

技術人員經驗豐富，可根據客戶需求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果；

擁有專業的生物信息團隊，可提供個性化的生物信息分析服務；

技術策略：

技術流程：

圖    真菌基因組掃描項目分析流程

圖    真菌基因組精細圖項目分析流程

送樣要求：

Total DNA≥20 μg；濃度≥20 ng/μL ；純度OD260/280在1.8-2.0之間

DNA完整無降解，無RNA、蛋白質、多糖等污染。

分析示例：

COG功能分類統計：

GO功能注釋統計：

比較基因組共線性分析：

全基因組結構變異類型配對圖：

直系同源基因venn圖：

系統進化樹：

項目經驗(部分客戶文章)：

1. Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years. ISME (IF=9.693),   2020.

2. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in mycology(IF=11.663), 2018.