Qualitative analysis of proteomics

蛋白質純定性分析實驗主要是利用液質聯用儀對酶解后的肽段進行檢測，然后與對應物種的蛋白序列庫進行比對，得到該樣品中存在哪些蛋白，以及這些蛋白的肽段序列、等電點等信息。

此類服務主要包括以下內容：

• 蛋白樣品/膠條/IP蛋白產物等形式的樣品處理（蛋白酶解、除鹽等）

• 質譜檢測

• 數據庫檢索

• 檢索結果及數據報告

The service content

LC-MS/MS蛋白質譜鑒定技術

co-ip/Pull down/SDS-Page條帶等蛋白溶液---LCMSMS鑒定

膠條鑒定是目前使用最廣泛的蛋白質組學研究手段，聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE，Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）分離蛋白質混合物，收集目的膠條，經膠內酶解后用于質譜分析以獲得蛋白質信息。

采用LCMSMS技術進行蛋白膠條鑒定，并對膠內酶解法進行系列優化，通過與數據庫的檢索，推斷得到與之可能性最高的匹配蛋白。

技術的特點

技術優勢

①成本低；

②實驗步驟簡單高效；

③質譜分析所需時間短；

產品特點

①服務周期短，15個工作日可交付結果；

②完善的售后服務，可免費提供一定數量的原始數據譜圖；

③除原始數據外，可提供不同需求的數據格式轉換。

實驗流程

樣本要求

送樣要求

蛋白干粉，膠條封存于ep管內，4℃（冰袋）運輸；溶液樣本干冰運送

儀器設備

Thermo Q-Exactive高分辨質譜

1.如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進行后期的驗證實驗？

需要研究人員根據自己研究的相關生物學背景，再結合生物信息學分析的結果，以及查看相關的文獻資料來確認哪些蛋白可以用于后續深入的研究。后期的蛋白驗證實驗，一般情況下是根據客戶的需要，結合課題本身，在所篩選到的差異的蛋白中，找到自己關注的蛋白。并且在挑選的時候盡量挑蛋白可信度高的、差異變化較明顯的蛋白。PS：目前驗證實驗的成功率比較低，一般情況下能有50%的概率已經是非常好的結果。

2. 2.做蛋白鑒定時，檢索時為什么同一個編號對應了很多蛋白質？

因為一個蛋白家族中常常含有多個同源性很高的蛋白質，這些蛋白質被酶切之后，很可能會產生很多相同的肽段，軟件在進行定性分析時，就會將這些肽段均歸于得分最高的那種蛋白質，其他同源蛋白不計分，并且這些同源蛋白都采用同一編號。

3. 3.蛋白質譜鑒定不成功一般有哪些因素?

質譜鑒定不成功主要可以分為兩類，一類是質譜效果不好，一類是沒有可參考的蛋白數據庫，質譜效果不好的原因又可以細分為蛋白點太淡以至于蛋白含量過低（常見銀染的點）、蛋白酶解及質譜操作失誤等，要避免這些因素需要盡量取顏色深一些的蛋白點，并且取的蛋白點面積需要適當大一些，對于某些很小但很清晰的蛋白點，取點的時候可適當選擇孔徑大一些的槍頭，把邊上空白處適當取到一些也不要緊，避免取點混入其他的蛋白點。其次，由于沒有合適的數據庫導致的鑒定效果較差，可以通過更換范圍更大的數據庫、近緣物種數據庫、采用相關研究物種的蛋白、EST數據庫等構建本地數據庫的方式進行解決。