RIP-Seq介紹

RIP-seq RNA Immunoprecipitation是研究細胞內蛋白與RNA相互作用的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能更有效地發現miRNA的調節靶點。這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。
RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀RIP技術的類似應用，但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物，因此RIP實驗的優化條件與ChIP實驗并不相同。RIP實驗下游結合二代測序技術稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標蛋白相互結合的RNA的區域或種類和相互作用強弱。

應用領域

1.高效獲取蛋白所結合的RNA，在全轉錄組范圍得到與蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。
2.準確獲取蛋白結合RNA的特征，通過RNA結合區域的富集得到蛋白結合的RNA位置。
3.通過motif分析獲取蛋白結合序列的偏好性。

技術優勢

1. RIP-seq是目前公認的最有效的確定蛋白質在細胞自然狀態下與RNA結合的研究手段，可以有效的鑒定一個蛋白是否是RNA結合蛋白以及RNA結合蛋白與哪些RNA直接作用，并確定其結合位點。
2. RIP-seq可從全轉錄組范圍研究蛋白與RNA的相互作用，得知相互作用RNA的類型。
3. RIP-seq分辨率高，可通過分析可得知與蛋白作用的RNA序列。

實驗流程