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當前位置

Hi-C測序樣本準備指南

Hi-C技術(shù)以細胞為研究對象，研究整個細胞核的染色體空間構(gòu)象，細胞的數(shù)量要達到2.5×10⁷個，獲得大量細胞的方法主要是兩種：

1. 培養(yǎng)細胞系

培養(yǎng)細胞系，適用于易于培養(yǎng)的細胞系，例如成纖維細胞等。在體外培養(yǎng)細胞系首先將組織分離成單細胞，分選出所需培養(yǎng)的細胞類型，隨后將細胞在體外培養(yǎng)成細胞系。在體外培養(yǎng)必須能夠維持和模擬細胞在體內(nèi)生存的良好環(huán)境和物質(zhì)代謝過程，所以需要嚴格的細胞培養(yǎng)條件，以及符合特定細胞的環(huán)境，同時培養(yǎng)細胞花費時間較長。

主要適用的細胞系類型：成纖維細胞、表皮細胞、上皮細胞、肌肉細胞等。

寄送方式：在細胞寄送之前，建議客戶進行污染鑒定并提供鑒定結(jié)果，以避免由于存在污染造成實驗失敗或者數(shù)據(jù)浪費。建議老師寄送固定好的細胞系，固定好的細胞－80℃過夜后干冰保存寄送。

2. 從組織直接分離細胞

通過組織分離細胞相對體外培養(yǎng)細胞系的優(yōu)勢：

1. 操作過程時間短

2. 花費少，無需提供和維持生存的良好環(huán)境和物質(zhì)代謝所需的條件。

3. 組織樣本可直接獲得所需細胞類型，能更好的還原細胞內(nèi)的實際結(jié)構(gòu)，保真性更強，而在體外細胞培養(yǎng)過程中，細胞會有一定的變化，尤其在經(jīng)歷較多次傳代后。

植物群體細胞Hi-C測序樣本要求

產(chǎn)品類型	文庫類型	送樣要求
動物Hi-C測序	Hi-C文庫	樣本處理：細胞/組織需要進行甲醛交聯(lián)固定。
		樣本運輸：大體積干冰運輸。
		送樣量：一般來講，2.510⁷個細胞能夠滿足制備一個標準的Hi-C文庫，建議培養(yǎng)510⁷至1*10⁸個細胞用于固定，以保證實驗的可重復(fù)性。由于細胞數(shù)量會影響Hi-C文庫的復(fù)雜度，因此需要盡量精確的統(tǒng)計細胞數(shù)量。組織樣本，一個文庫需要的DNA量為15-20ug。

植物群體細胞Hi-C測序樣本要求

產(chǎn)品類型	文庫類型	送樣要求
植物Hi-C測序	Hi-C文庫	樣本處理：細胞/組織需要進行甲醛交聯(lián)固定。
		樣本運輸：大體積干冰運輸。
		送樣量：一般來講，2.510⁷個細胞能夠滿足制備一個標準的Hi-C文庫，建議培養(yǎng)510⁷至1*10⁸個細胞用于固定，以保證實驗的可重復(fù)性。由于細胞數(shù)量會影響Hi-C文庫的復(fù)雜度，因此需要盡量精確的統(tǒng)計細胞數(shù)量。組織樣本，一個文庫需要的DNA量為15-20ug。

Hi-C輔助基因組組裝樣本要求

產(chǎn)品類型	文庫類型	送樣要求
Hi-C輔助基因組組裝	Hi-C文庫	樣本處理：細胞/組織需要進行甲醛交聯(lián)固定。
		樣本運輸：大體積干冰運輸。
		送樣量：一個文庫需要的DNA量為15-20ug。

捕獲Hi-C測序樣本要求

產(chǎn)品類型

文庫類型

送樣要求

捕獲Hi-C測序

Hi-C文庫

植物樣品：

樣本類型：交聯(lián)后細胞/組織樣本、交聯(lián)后細胞核樣本、未交聯(lián)新鮮植株。

取樣要求：新鮮活體植株上的目標組織，推薦取較為幼嫩的葉片、根毛、莖等部位，便于充分交聯(lián)。

動物樣品：

樣本處理：一般來講，2.5*10⁷個細胞能夠滿足制備一個標準的Hi-C文庫，建議培養(yǎng)5*10⁷至1*10⁸個細胞用于固定，以保證實驗的可重復(fù)性。由于細胞數(shù)量會影響Hi-C文庫的復(fù)雜度，因此需要盡量精確的統(tǒng)計細胞數(shù)量。組織樣本，一個文庫需要的DNA量為15-20ug。