小基因組主要包括線粒體、葉綠體、病毒、質粒等，由于這些基因組大小通常小于1M，因此統稱為小基因組?；诟咄繙y序技術，對小基因組進行全基因組測序，可以得到其全基因組序列，并預測其重要的功能基因?；谌蚪M序列，對于線粒體/葉綠體可以進一步研究物種分類、進化關系等；對于病毒、質粒則可以進一步研究致病性、與宿主的相互作用等。

產品類型

    小基因組掃描圖：構建Illumina PE（400bp）文庫，利用Illumina（Miseq/Hiseq）平臺測序，de novo 組裝后進行生物信息分析；

    小基因組完成圖：構建PacBio（~10K）文庫，利用Pacbio RS II平臺測序，de novo 組裝后獲得基因組完成圖并進行生物信息分析；

實驗流程

生信分析流程

生信分析內容

1、承諾指標

      小基因組掃描圖：基因組覆蓋度大于95%，基因區覆蓋度大于98%；單堿基平均錯誤率低于十萬分之一；

     小基因組完成圖：0 GAP，1 contig；單堿基平均錯誤率低于十萬分之一；

2、項目周期

      小基因組掃描圖：20-25個工作日；

     小基因組完成圖：45-55個工作日；

3、送樣要求

      1) 樣品類型： DNA；

      2) 樣品需求量：小基因組掃描圖：基因組DNA ≥2μg ；小基因組完成圖：基因組DNA ≥10μg；

      3) 樣品濃度：≥30ng/μL；

      4) 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解，無污染；

      5) 樣品保存期間切忌反復凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運輸；

褐藻Saccharina japonica葉綠體全基因組結構特征及其比較基因組分析

　　本文對褐藻Saccharina japonica的葉綠體進行全基因組測序，研究了其結構特征；同時構建了含有40種葉綠體蛋白的數據集和26種葉綠體蛋白的數據集，基于兩種數據集與Fucus vesiculosus和Ectocarpus siliculosus的葉綠體基因組進行了比較基因組分析。

圖1 S. Japonica的葉綠體基因組圈圖

案例二：大豆的線粒體基因組測序研究

　　大豆線粒體基因組根據酶切多態性可以分為四類，且有4.8kb的大片段重復，基因組大小約392kb。目前，豆科植物中，綠豆（Vigna radiata）、百脈根（Lotus japonicus）和水黃皮（Millettia pinnata）線粒體基因組已被測序，這些基因組都比大豆簡單。本文對大豆線粒體基因組進行測序，結果顯示大豆線粒體基因組結構是目前種子類植物中最復雜的，而且大豆核基因組、線粒體、葉綠體基因組之間存在DNA的水平轉移。

圖1 大豆線粒體基因組圈圖

參考文獻

[1] Wang XL, Shao ZR, Fu WD, Yao JT, Hu QP and Duan DL. Chloroplast genome of one brown seaweed, Saccharina japonica (Laminariales, Phaeophyta): Its structural features and phylogenetic analyses with other photosynthetic plastids. Marine Genomics,2013,10(2):1-9.

[2] Chang S, Wang Y, Lu J, et al. Correction: The Mitochondrial Genome of Soybean Reveals Complex Genome Structures and Gene Evolution at Intercellular and Phylogenetic Levels.Plos One, 2013, 8(2):e56502.