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當前位置
細胞遺傳質量檢測的重要性 細胞系作為正?；蚰[瘤組織的模式細胞被廣泛應用于科學研究和藥物開發，然而很大一部分的細胞系被錯誤標記或被其它個體、組織、種系來源的細胞所替代 。 細胞系錯誤鑒定問題已有50年歷史，基于國際細胞庫的分析數據顯示：1984年細胞錯誤鑒定率為35%，1999年為18%，直到最近幾年，應用于生物醫學領域的細胞系需要鑒定的問題仍然很少有人關注。 細胞系錯誤鑒定所造成的后果 l 細胞系的損失 l 時間和金錢的損失 l 在公眾領域（文獻，專利等）提供錯誤信息 l 造成實驗結果不一致或不可重復 l 個人：尷尬；公眾：羞辱 細胞系鑒定與STR的關系 STR（Short TandemRepeat，短串聯重復序列）基因分型已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定 。 STR基因位點由長度為3～7個堿基對的短串連重復序列組成， 這些重復序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態性標記，被稱為細胞的DNA指紋。STR 基因座位上的等位基因可通過擴增區域內重復序列的拷貝數的不同來區分，在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別。隨后通過一定的計算方法，即可根據所得的STR分型結果與細胞STR數據庫比對從而推算出樣品所屬的細胞系或可能的交叉污染的細胞系名稱。 云生物為了進一步提高鑒定的分辨率，除了包含ATCC檢測的8個STR和1個性別決定位點Amelogenin外，另新增了11個高度多態性位點 ，共檢測20個STR位點。 1. 細胞懸液（細胞數≥106 個）- 提供細胞，請用PBS懸浮細胞離心后，去上清液，將細胞沉淀加冰袋運輸 2. 基因組DNA（≥20μL，濃度≥50ng/μL）- 提供DNA樣本時請加冰袋運輸；同時請注明DNA含量 STR分型圖譜及檢測結果
所謂細胞系鑒定即通過STR（短串聯重復）信息所建立細胞系的遺傳特性。一旦細胞系的遺傳特性被確立，細胞系就應該定期的檢測，以防止出現細胞系被誤認或交叉污染的情況。 2.為什么要進行細胞系鑒定？ 由于細胞系發生交叉污染或身份誤認，可以導致實驗數據的無效和數據的誤導。NIH最近已發出公告，討論細胞系鑒定的必要性，并且越來越的的期刊要求文章發表前需提供細胞鑒定材料。 3.如何進行細胞系鑒定？ 細胞系鑒定目前主要基于Promega GenePrint? 10系統。這種系統可以通過多重PCR結合熒光探針檢測技術，對人源7個STR位點以及1個性別決定位點進行檢測。下表為這些位點的具體的遺傳信息。 4.什么時候需細胞系鑒定？ 當建立或獲得一個新的細胞系時 在細胞凍存之前，或細胞已連續培養2個月時 5.如何提供鑒定樣本？ 每種細胞需單獨收集在1.5ml離心管中，細胞數目在0.5 x 106至1 x 106之間。細胞需要離心沉淀，并且竟可能去除上清培養基，沉淀冰凍保存。細胞樣本需保持冰凍狀態直到基因組DNA提取完畢。并且在1.5ml管壁外標明細胞數目。 6.如何知道細胞系是否發生交叉污染了？ 如果存在細胞系之間發生交叉污染，那么在進行STR位點檢測的時候，多個位點會出現兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度，理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關系。因此，存在交叉污染的混合細胞系中，其中一個位點中某些峰會明顯高于其他的峰，其中大峰是屬于混合細胞系中那個主要細胞系，而小峰則屬于那個次要細胞系。值得注意的是，當發生兩個或以上細胞混合的時候，檢測結果看起來非常像細胞系的“遺傳不穩定”——當一個細胞系存在亞群時，尤其是一些癌細胞系，由于遺傳不穩定的存在，在一些位點的STR特性會不同。因此經驗豐富的分子專家是非常重要的，他能夠幫助分析復雜的電泳圖譜（STR峰圖），從而判斷是否由于發生細胞系交叉污染而導致多等位基因情況。上海翼和應用生物，作為老牌的遺傳技術服務公司，十年以上基因分型經驗，可以幫你解決你的疑惑。
A.Cell Line Integrated MolecularAuthentication (CLIMA) http://bioinformatics.istge.it/clima/ 8.如何判斷細胞系是否正確？ 收到細胞系鑒定結果以及STR信息，可以自行和參考數據庫進行比對。如果細胞樣本的每個STR位點和參考細胞STR位點都能重合匹配，即說明該細胞系正確，反之則說明你的細胞系可能被錯誤標記，交叉污染或發生遺傳不穩定。一般說來，匹配度≥80%即可認為該細胞系正確，匹配度＜80%則說明該細胞系的來源需要被懷疑。。 9.如果細胞系沒有在數據庫中比對出結果怎么辦？ 如果已知數據庫中沒有找到你的細胞信息，你可以用自己的細胞遺傳信息建立自己的遺傳特性，以便后期進行自己細胞庫的比對。 10.細胞系交叉污染或錯誤鑒定對研究是否有影響？ 答案是肯定的。使用錯誤的細胞系或者是被污染的細胞系做研究，只會造成時間，金錢和精力的損失，以及造成實驗結果的不一致和不可重復。因此如果用被污染或錯誤的細胞系做研究，在發表文章或做進一步研究時極有可能需要用正確的細胞再重復實驗。 Sci Rep. 2016 Apr 26;6:25153. doi: 10.1038/srep25153. Endophilin B2 promotes inner mitochondrial membrane degradation by forming heterodimers with Endophilin B1 during mitophagy.
AbstractMitochondrial sequestration by autophagosomes is a key step in mitophagy while the mechanisms mediating this process are not fully understood. It has been reported that Endophilin B1 (EB1) promotes mitochondrial sequestration by binding and shaping membrane. However, the role of EB1 homolog Endophilin B2 (EB2) in mitophagy remains unclear. Here we report that EB2 plays an indispensable role in mitochondria sequestration and inner mitochondrial membrane (IMM) protein degradation during mitophagy. Similar to EB1, EB2 aggregates into foci and then translocates to damaged mitochondria. Loss of either EB2 and/or EB1 significantly enervates the foci translocation to fragmented mitochondria and IMM degradation, and the EB1/EB2 heterodimer formed by EB1/EB2 interaction promotes the above process. We noticed that, it is the dimer domain of EB2 but not that of EB1 mediating the heterodimer formation, manifesting the importance of EB2 in mitophagy. Furthermore, we demonstrate that the EB foci formation is closely regulated by the PINK1-Parkin signaling pathway. From these results, we propose that EB1/EB2 heterodimers may serve as linkers between damaged mitochondria and phagophores during mitophagy. Cancer Res. 2016 May 15;76(10):3057-66. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-15-2361. Epub 2016 Mar 24. Human Helicase RECQL4 Drives Cisplatin Resistance in Gastric Cancer by Activating an AKT-YB1-MDR1 Signaling Pathway.Mo D1, Fang H2, Niu K1, Liu J1, Wu M3, Li S2, Zhu T4, Aleskandarany MA5, Arora A5, Lobo DN6, Madhusudan S5, Balajee AS7, Chi Z8, Zhao Y8.
AbstractElevation of the DNA-unwinding helicase RECQL4, which participates in various DNA repair pathways, has been suggested to contribute to the pathogenicity of various human cancers, including gastric cancer. In this study, we addressed the prognostic and chemotherapeutic significance of RECQL4 in human gastric cancer, which has yet to be determined. We observed significant increases in RECQL4 mRNA or protein in >70% of three independent sets of human gastric cancer specimens examined, relative to normal gastric tissues. Strikingly, high RECQL4 expression in primary tumors correlated well with poor survival and gastric cancer lines with high RECQL4 expression displayed increased resistance to cisplatin treatment. Mechanistic investigations revealed a novel role for RECQL4 in transcriptional regulation of the multidrug resistance gene MDR1, through a physical interaction with the transcription factor YB1. Notably, ectopic expression of RECQL4 in cisplatin-sensitive gastric cancer cells with low endogenous RECQL4 was sufficient to render them resistant to cisplatin, in a manner associated with YB1 elevation and MDR1 activation. Conversely, RECQL4 silencing in cisplatin-resistant gastric cancer cells with high endogenous RECQL4 suppressed YB1 phosphorylation, reduced MDR1 expression, and resensitized cells to cisplatin. In establishing RECQL4 as a critical mediator of cisplatin resistance in gastric cancer cells, our findings provide a therapeutic rationale to target RECQL4 or the downstream AKT-YB1-MDR1 axis to improve gastric cancer treatment. Cancer Res; 76(10); 3057-66. 背景介紹據統計約30%細胞系被交叉污染或錯誤辨識 [4-9] ，因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復、臨床細胞治療災難性后果……，這浪費大量時間、精力和金錢。
因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等對此多次發出呼吁，要求研究者對細胞進行鑒定 [10-14] ，如2011年美國國家標準學會專門頒布了一份細胞STR鑒定國家標準 [15] ；2014 年12 月、2015 年2 月Science 雜志分別發表文章專題闡述細胞交叉污染和錯誤辨識嚴重性；2015年4月Nature通知：Nature旗下雜志將從5月開始要求作者鑒定論文中所用細胞系；2015年6月有報道稱一科學家由于用錯細胞系，撤銷Nature論文……。STR基因分型已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定，目前越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR分型數據。細胞系STR鑒定——及時發現您的細胞是否被交叉污染或錯誤辨識。 細胞系STR鑒定相關重量級報道 1、發表文章或申請課題經費前； 2、使用細胞進行臨床治療（試驗）前； 3、準備凍存保種或已凍存多年的細胞； 4、一個涉及到細胞試驗項目開始/結束時； 5、新得到的細胞或實驗室培養5代以上的細胞； 6、細胞系表現不穩定或結果與預期差別較大； 7、異體細胞移植后嵌合情況檢查。
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