環狀RNA（circular RNA，circRNA）是在轉錄過程中,通過可變剪接形成的一類首尾相接的環狀RNA分子。高等動物中circRNA的種類和含量遠遠超過預期。最近的研究發現circRNA可以作為“microRNA海綿”，即競爭性內源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），結合胞內miRNA，阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用。circRNA也可與蛋白形成復合體調節下游的靶基因。另外，circRNA的表達呈現出很強的組織特異性，也暗示circRNA具有重要的生物學功能。基于Illumina HiSeq平臺的circRNA測序能夠快檢測樣本中circRNA的種類并進行表達定量，結合生物信息學挖掘手段，研究circRNA的功能和調控機制。

環狀RNA特點

1. 大多存在于細胞質中，且序列高度保守；

2. 一般細胞或組織中，環狀RNA較穩定，半衰期在48h，其他mRNA（線性）半衰期約為10h。

3. 不同細胞中表達的環狀RNA可能不同；

4. 同一個基因可能即產生線性mRNA，又可以轉錄成環狀RNA;

5. 總量估計，外顯子環狀RNA（exonic circRNA）的量約為polyA mRNA（線性mRNA）的1%；占所有非核糖體RNA的0.8%；

6. 大部分為ncRNA。

樣本要求

• 樣本類型：細胞、新鮮組織或足量total RNA

• 樣品量：≥5ug純化后的total RNA（需保證提供的細胞及組織樣本可以提取到足量RNA），最低濃度不低于50ng/μl

• 樣本質量：OD 260/280值應在1.9～2.2 之間；DNA 應該去除干凈，RNA無降解；RIN值大于等于7

• 樣品保存運輸：RNA用離心管保存，封口膜封口后用干冰運輸，組織樣品則用凍存管保存，干冰或液氮運輸

實驗流程

實驗設計——樣本取材——RNA抽提——rRNA去除——線性RNA消化——文庫構建——測序——數據分析

數據分析

數據分析內容列表