環(huán)境中存在著大量的不可培養(yǎng)微生物。受限于分離培養(yǎng)技術的瓶頸，以往技術難以獲得這些微生物的高品質基因組信息。在既往研究中，利用宏基因組binning有助于獲得不可培養(yǎng)微生物的全基因組序列，但存在著組裝完整性差，污染率高等問題。

HiFi reads是PacBio公司推出的兼顧長讀長和高準確度的測序序列，讀長可達15-20Kb，準確性可達99.9%，通過HiFi測序，可以為復雜微生物群體樣本中的單菌組裝提供又長又準的序列，大幅提升組裝效果，有效解決宏基因組組裝Contig太短、基因不完整、基因簇破裂問題，打造宏基因組完成圖Complete MAGs新概念，并可為復雜微生物組的多方向研究提供高效解決途徑。

經(jīng)典案例-人腸道微生物組的質粒組及可移動元件組的三代宏基因組研究

研究簡介：

由于人類腸道具有高度復雜性和多樣性，闡明人類腸道中染色體外可移動遺傳元件（eMGE，如質粒和噬菌體）的生態(tài)和生物學特性仍然具有挑戰(zhàn)性。本研究通過PacBio測序技術從12個糞便樣本中獲得了82個eMGE contigs（2.5-666.7Kb），包括58個新質粒和6個新噬菌體，以及5個末端帶有直接重復的crAssphages。擬桿菌屬質粒均占主導地位，而抗生素抗性基因主要存在于低豐度變形桿菌屬相關質粒中。

【參考文獻】：

Suzuki Yoshihiko,NishijimaSuguru,Furuta Yoshikazu et al. Long-read metagenomic exploration ofextrachromosomal mobile genetic elements in the human gut[J]. Microbiome, 2019, 7:119.