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當前位置
目標區域甲基化測序(Targeted Bisulfite Sequencing)
除了全基因組甲基化測序技術等研究手段，對于目標基因/CpG位點甲基化檢測，需要靈活的靶向甲基化測序方案, 基于亞硫酸鹽多重PCR捕獲核心技術和NGS高深度測序的目標區域甲基化測序Targeted Bisulfite Sequencing, 滿足幾個到上百個基因/CpG位點的檢測, 具有高準確性、高通量、低成本、快周期的優勢, 廣泛用于臨床樣本多位點的甲基化Biomarker篩選、驗證及臨床轉化應用。
技術優勢 基于亞硫酸鹽多重PCR擴增捕獲測序； 高效靈活的目標區域甲基化檢測方案； NGS高深度測序，單堿基分辨率，絕對定量的； 適合幾個到幾百個區域/CpG位點同時檢測； 適合廣泛的樣本類型：血液、組織、病理切片、灌洗液、糞便等； 低成本、快周期的，超高性價比優勢；
核心技術，用心服務每一個項目 專注表觀組學10年，提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案； 最早開發TBS技術團隊之一, 國內首家推出靶向甲基化TBS定制化服務； 已經完成血液、組織、病理切片、糞便等多種類型，10000+例樣本TBS項目經驗; 核心團隊在Genome biology、DNA Res等雜志發表多篇SCI論文； 專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學方案設計 從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數據分析； 每個項目需要專業、有價值的建議；及時高效的溝通，以保障高質量研究成果。
樣本類型和要求
數據分析
TBS(TargetedBisulfiteSequencing)送樣要求 一、 送樣類型 基因組 DNA、細胞、全血、動物組織、 FFPE、肺泡灌洗液、尿液及糞便等 二、 保存方式 1 、基因組 DNA 、細胞、全血、動植物組織：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間避免反復凍融。 2、FFPE 樣本：室溫保存 三、 運輸條件 1、基因組 DNA：冰袋或者干冰運輸； 2 、細胞、全血、組織樣本： 干冰運輸，順豐陸運(3-4 天時間)，夏季 10-15公斤干冰；秋冬季 10 公斤干冰； 3、FFPE 樣本：室溫運輸。 四、 樣本量要求 1、基因組DNA：總量不少于500ng，濃度不低于10ng/ul。 1)提供樣本 DNA完整性質檢結果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100 電泳等； 2)提取基因組DNA，要加RNA 酶，去除 RNA 污染； 3)提取基因組 DNA，溶到 TE 或者elutionbuffer,避免溶解到純水； 4)提供 Qubit檢測濃度， 基于 OD值的檢測方法，例如 NanoDrop, 會嚴重高估濃度。 2、細胞樣本：不少于1x10*6 個細胞 1 )收集貼壁或者懸浮細胞、 使用預冷的1 ×PBS，洗滌 2 次，600g 離心5 分鐘；2)最后一次離心后，盡量去除上清 PBS，保留細胞沉淀; 3、全血樣本：0.2-5ml外周血 使用普通 EDTA 抗凝管，避免使用肝素抗凝管。 4、動物組織：10mg以上 用預冷的 1 ×PBS 溶液洗掉組織表面殘留的血液； 取不少于 30mg (1/2 綠豆大小) 組織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)； 5、FFPE樣本：不少于0.5ug 案例分析1：DNA甲基化異常用于甲狀腺結節診斷 Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551. 本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發現癌旁、良性結節和癌組織之間存在顯著差異，并在65個甲狀腺結節的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和癌癥相關基因密切相關，表明DNA甲基化為甲狀腺結節提供準確的診斷。并開發及驗證了基于靶向甲基化測序TBS (Target Bisulfite Sequencing) 用于甲基化多位點甲狀腺結節診斷的轉化應用方案的重要價值。
案例分析2：血清游離DNA甲基化biomarker用于乳腺癌轉移早期篩查 Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115. 本課題通過RRBS檢測了31個樣本，其中癌組織(n=8)和白細胞(n=23)的DNA甲基化，篩選出18個癌癥特異的DMR, 進一步通過TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在兩個樣本庫(>1000例)的血漿cfDNA中驗證，找到血清EFC#93用于早期識別彌散性乳腺癌的biomarker.
案例分析3：循環腫瘤DNA甲基化biomarker用于肝癌診斷和預后 Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater. 2017;16(11):1155-1161. 本課題通過TCGA數據庫篩選401個甲基化Biomarker, 在1933例血漿中進行基于靶向亞硫酸鹽測序(Targeted Bisulfite Sequncing, TBS) ，通過與臨床樣本信息進行關聯分析，最終篩選了10個HCC診斷和8個HCC預后預測的甲基化Biomarker.
案例分析4：乳腺癌中48個基因甲基化普研究 Methylation pro?ling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015;149(3):767-79. PubMed文獻檢索與癌癥相關的48個基因，180例乳腺癌患者配對的癌和癌旁組織樣本庫中，通過TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 檢測這48個基因的啟動子甲基化，尋找有價值的甲基化標記物；結果聚類分析篩選出13個基因（CST6、DBC1、EGFR、GREM1、GSTP1、IGFBP3、PDGFRB、PPM1E、SFRP1、SFRP2、Sox17、TNFRSF10D和WRN）為候選生物標志物，構建乳腺癌高效率的癌癥預測模型。
案例分析5：靶向亞硫酸鹽測序發現食管鱗癌甲基化biomarker Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC）.Clin Epigenetics. 2017. 15;9:129 基于TCGA數據庫(450K芯片)等數據，**步篩選了5個潛在甲基化biomarker，第二步通過TBS (Target Bisulfite sequencing) 在94對ESCC樣本中驗證和評估，由5個CpG位點Panel的診斷模型具有很好的指標(sensitivity=0.75, specificity=0.88, AUC=0.85)
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