|
當前位置
三代宏基因組
環境中存在著大量的不可培養微生物。受限于分離培養技術的瓶頸,以往技術難以獲得這些微生物的高品質基因組信息。在既往研究中,利用宏基因組binning有助于獲得不可培養微生物的全基因組序列,但存在著組裝完整性差,污染率高等問題。 長讀長測序可以為復雜微生物群體樣本中的單菌組裝提供又長又準的序列,大幅提升組裝效果,有效解決宏基因組組裝Contig太短、基因不完整、基因簇破裂問題,打造宏基因組完成圖Complete MAGs新概念,并可為復雜微生物組的多方向研究提供高效解決途徑。
期刊:Microbiome 影響因子:11.607 發表時間:2019年 由于人類腸道具有高度復雜性和多樣性,闡明人類腸道中染色體外可移動遺傳元件(eMGE,如質粒和噬菌體)的生態和生物學特性仍然具有挑戰性。本研究通過PacBio測序技術從12個糞便樣本中獲得了82個eMGE contigs(2.5-666.7Kb),包括58個新質粒和6個新噬菌體,以及5個末端帶有直接重復的crAssphages。擬桿菌屬質粒均占主導地位,而抗生素抗性基因主要存在于低豐度變形桿菌屬相關質粒中。
|