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蛋白質組
 蛋白質組學介紹 蛋白質組（Proteome）是指基因組表達的所有相應蛋白質的集合，即細胞、組織或機體全部蛋白質的存在及其活動方式。蛋白質組學（Proteomics）是指利用高分辨的蛋白質分離技術和高效的蛋白質鑒定技術在蛋白質水平上整體性、動態(tài)和定量地研究生命現(xiàn)象及規(guī)律的科學，是系統(tǒng)生物學的有機組成部分。 蛋白質組是空間和時間上動態(tài)變化著的整體，一個基因組對應多個蛋白質組。相比穩(wěn)定的基因組，蛋白質組是遺傳信息、環(huán)境因素、生活習慣等多因素的綜合體現(xiàn)。同一細胞/組織，在不同時間/不同環(huán)境條件下蛋白譜的表達也存在不同。如上圖所示：線粒體呼吸鏈酶家族的蛋白表達水平不僅在不同成人器官中存在顯著差異，同樣在心臟中，胎兒與成人蛋白表達量也差異巨大。因此，蛋白質組是最能實時反映細胞/組織功能和疾病發(fā)生狀態(tài)的一類分子，也是疾病發(fā)生最相關的分子類型，具有廣闊研究前景。 蛋白質組學定性原理 基于LC-MS/MS技術的蛋白質組定量技術一般分為標記法和非標記法兩種類型。目前常用的標記法有：iTRAQ（體外）、TMT（體外）、SILAC（體內）三種基于同位素標簽進行半定量的方法。以常用的iTRAQ蛋白質組學定量為例（如下圖）：iTRAQ是由8種（113/114/115/116/117/118/119/121）同位素標簽組成，在實驗過程中將8例不同樣品分別酶解成多肽片段→分別標記8種同位素標簽→將8例標記好的多肽樣品混合成1例總樣品→進入LC-MS/MS分析系統(tǒng)→二級MS階段iTRAQ平衡基團發(fā)生中性丟失，在低質量區(qū)產生多個報告離子→計算各報告離子峰面積，獲得同一肽段不同樣品間的相對豐度差異比值→加權計算肽段豐度獲得總蛋白質相對定量值。
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蛋白質組學數(shù)據(jù)分析平臺
2023-10-20
雜志名稱：Journal of Experimental & Clinical Cancer Research影響因子：12.658文章：Procoxacin bidirectionally inhibits osteoblastic and osteoclastic activity in bone and suppresses bone metastasis of prostate ca...
2023-10-20
小分子靶標發(fā)現(xiàn)策略01引言藥物研發(fā)是醫(yī)學領域的重要研究方向，而藥物靶點的發(fā)現(xiàn)是藥物研發(fā)的關鍵步驟。傳統(tǒng)的藥物研發(fā)方法面臨著許多挑戰(zhàn)，如研發(fā)周期長、研發(fā)成本高、藥物療效不理想等。為了解決這些問題，基于化學修飾技術的藥物靶點發(fā)現(xiàn)研究應運而生。這種技術通過將藥物分子進行化學修飾，并與固相載體微球表面的活性反應基團相互作用，將藥物分子偶聯(lián)到微球表面。然后，將微球與細胞裂解液混合，使微球表面的藥物分子...
2023-09-13
轉自凌恩生物蛋白質組學指的是在不斷變化的生物條件下定量測量蛋白質組的表達。液相色譜與結合串聯(lián)質譜(LC-MS/MS)的蛋白質組學技術，在硬件和軟件的快速發(fā)展的推動下，已將蛋白質組學轉變?yōu)槟軌蛟谝惶靸葴y量數(shù)百個樣本的高通量實驗過程。但是還是有很多老師不太懂如何選擇這些技術，我?guī)熋镁陀龅搅诉@類問題：下面就由大師姐給我們介紹一下這幾個技術和優(yōu)缺點吧~1Label-free技術 Label...
2023-08-15
磷酸化蛋白研究 So Easy！蛋白磷酸化 蛋白質磷酸化是研究最多的翻譯后修飾 (PTM)，其中來自三磷酸腺苷 (ATP) 的磷酸基團共價連接到絲氨酸 (~86%)、蘇氨酸 (~12%) 或酪氨酸 (~2 %) 被激酶去除并被磷酸酶去除。磷酸化可以改變蛋白質的結構、功能和相互作用。因此，磷酸化在體內平衡和疾病的幾乎所有細胞過程中都起著至關重要的作用，包括信號轉導、細胞周期、分化、增殖、...
2021-12-03
三陰性乳腺癌（Triple-Negative Breast Cancer, TNBC）指雌激素受體 (Estrogen Receptor, ER)、孕激素受體 (Progesterone Receptor, PR)、人表皮生長因子受體-2 (Human Epidermal Growth Factor Receptor 2, HER-2)表達均為陰性的一類乳腺癌，約占浸潤性乳腺癌病例的15-2...
2021-12-03
為發(fā)現(xiàn)血漿中與免疫抑制劑治療相關的系統(tǒng)性變化，并尋找與治療結果相關的潛在生物標志物，瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學院 (Karolinska Institute) 的研究人員借助基于Olink的靶向蛋白質組學（Olink I/O Panel）及其他方法分析了24名CM患者的連續(xù)血漿樣本，并同時分析了24名接受MAPKis治療CM患者的血漿蛋白組以確定ICI治療的特異性血漿蛋白水平的變化；相關結果發(fā)表在J...
2021-12-03
概述: 心房顫動（AF）是造成心律失常或心律紊亂的最常見原因之一。AF患者更有可能出現(xiàn)血栓和患中風，然而這種嚴重的病癥往往被發(fā)現(xiàn)得太晚。因此，對高危患者進行篩查，以便他們及時啟動服用抗凝血藥物進行預防是很重要的。心電圖是目前**能檢測AF的方法。與AF相關的臨床風險因素（如年齡較大、既往中風史、肥胖、高血壓、糖尿病和心力衰竭等）被用來確定適合心電圖篩查的亞人群。而這些風險因素單獨或聯(lián)合使用...
2021-12-03
隨著蛋白檢測技術和生物信息學與統(tǒng)計學算法的發(fā)展，以疾病研究為主要目的之一的人類蛋白質組計劃正快速推進。蛋白質生物標志物在疾病早期診斷和臨床治療等方面有著非常重要的意義，其發(fā)現(xiàn)策略和方法的研究已成為一個重要的熱點領域。傳統(tǒng)大隊列樣本的蛋白質篩選主要基于質譜進行檢測，隨著臨近延伸分析（Proximity Extension Assay，PEA）檢測技術的出現(xiàn)，彌補了質譜在血液樣本檢測中的缺陷，為...
2021-12-03
近日，上海交通大學瑞金醫(yī)院呼吸與危重癥學科瞿介明教授、瑞金醫(yī)院上海血研所諸江教授，和時任上海公共衛(wèi)生臨床中心的盧洪洲教授等多個研究團隊合作，在國家轉化醫(yī)學中心（上海）陳賽娟院士及印彤研究員團隊的支持下，在國內**期刊Cell Research （2021 Impact Factor = 25.617）發(fā)表研究論文，首次揭示可區(qū)分持續(xù)無癥狀（persistently asymptomatic）...
2021-05-26
近幾年，生物質譜技術可謂是日新月異。隨之與其搭配的實驗技術也層出不窮、五花八門（如圖1）；對于初入蛋白質組學的研究學者來說，選擇什么技術路線來實現(xiàn)自己的研究目的？如何設計實驗方案傻傻搞不清楚，今天我們就來看一下“新晉網(wǎng)紅”DIA與“老牌實力派”TMT/iTRAQ、label free各自有何神通之處？圖1 | 蛋白質組學技術匯總DIA、TMT/iTRAQ、傳統(tǒng)Label free區(qū)別Labe...
2020-06-24
Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera36.216Cell . 2020 May 28;S0092-8674(20)30627-9. doi: ...
2020-02-19
隨著質譜儀器的不斷更新?lián)Q代，蛋白組學的技術也不斷的革新，從最早的2-D電泳技術到基于LC-MSMS的蛋白定性；從Labelfree 技術到標記定量iTRAQ/TMT技術以及時下備受推崇的DIA/SWATH技術、PRM/MRM技術，每一次的技...
2019-07-16
DIA技術數(shù)據(jù)非依賴采集（data independent acquisition，DIA）是近年來備受矚目的質譜...
2019-03-08
磷酸化蛋白組 在酸性條件下，TiO2表面帶正電，可與磷酸化肽段產生靜電作用而達到富集效果。經(jīng)TiO2富集后的多肽產物再進行液相色譜質譜（LC-MS）分析，即可獲得磷酸化肽段的序列信息和磷酸鍵的位置信息。 TiO2...
2019-03-08
SILAC標記定量 SILAC技術是由美國Thermo Fisher公司研發(fā)的一種多肽體內標記技術。該技術是將重型和輕型13C或15N同位素分別標記在L-賴氨酸和L-精氨酸兩種必需氨基酸上。細胞經(jīng)必需氨基酸培養(yǎng)5-6代后，所有...
2015-07-10
Label Free定量 蛋白質非標記定量技術（Label Free），是直接通過液相色譜質譜（LC-MS）技術結合復雜的數(shù)據(jù)分析方法對蛋白質酶解肽段進行半定量檢測的技術。目前Label Free主要的數(shù)據(jù)分析方法是利用Max... |
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