|
當前位置
單細胞測序樣本準備指南——細胞消化懸浮方案
注意事項: ① 解剖小鼠,取其具體靶器官時,一般采取斷頸的方式,優勢是處理快速、方法通用,但會引起體內局部(尤其是胸腔)內凝血,對心臟、主動脈和肺等組織有一定影響;解剖過程,務必快速準確,盡量減少細胞活性的損失。 ② 沖洗過程,一般采用預冷的生理鹽水/PBS/D-Hanks`液/RPMI-1640等液體。此步驟注意兩點:預冷+維持細胞活性的“液體”。一般情況下,建議RPMI-1640添加FBS至10%終體積(其實就是完全培養液)。也有老師用終濃度1-5%的BSA,其實作用都是為了提高細胞懸液制備過程中的細胞活性。 ③ 剪碎過程,注意兩點:快速+越小越碎越好。可以準備一次性的平皿,提前注入5-10 ml預冷的完全培養液,在預冷環境中剪碎組織。 ④ 膠原酶消化,這一步注意事項較多。首先,明確適用于該組織的膠原酶,詳細情況見上面表格;一般情況下,IV型最通用,但特殊類型的組織用單一類型的酶效果更好;另外,根據研究目的,如果樣品所處微環境組織類型復雜,可以配成混合型的膠原酶,如II+IV型;第二,使用終濃度,我們整理了20+的CNS文章,發現有作者用質量濃度mg/ml,也有的用活性單位濃度UI/ml,考慮到各公司貨品單位質量對應的活性不同,建議以活性單位濃度UI/ml為基準。大多數的II或IV型膠原酶的使用濃度為100-200UI/ml。最后,注意消化時間。一般情況下,膠原酶在37℃條件下活性最強,消化時間為20-30 min;也有文章在處理腫瘤組織時,消化4 h甚至過夜。不敢多想,深表懷疑。另外,也有老師喜歡用4℃消化過夜的方式,細胞數量和活性也都還不錯,可以嘗試,但可能不會通用于所有類型的組織。 ⑤ 終止酶的消化,一般來說都是加入血清的。但是,由于膠原酶本身不受血清影響,因此,只能采用離心—棄上清—加培養液重懸的“素質三連”來洗去殘留的膠原酶。至于細胞碎片,這一步基本上都是通過低轉速短時間離心的方式進行的,基本上300 g,5 min即可。既保證活細胞離心收集,又保證細胞碎片懸浮在上清中被棄掉。如果,老式離心機只能調節轉速(rpm),沒有g這一選項的話,一般情況下是1000-1500 rpm。 ⑥ 紅細胞裂解,這一步其實很糾結。先說結論,該裂還是要裂的,不過盡量在初步分離細胞的時候把紅細胞去除干凈。不過,像心臟和肝臟這樣的組織,本身紅細胞含量就超級高,裂紅在所難免。至于為什么糾結,因為有些細胞類型被裂紅試劑處理后,會發生聚集并收縮在一團,用移液器輕微的吹打不容易將其分開,會影響后續實驗的單細胞得率。 ⑦ 最終,在檢測細胞活性/數量的時候,要么走經典路線,光學顯微鏡+細胞計數板+臺盼藍;要么走高科技路線,活/死細胞熒光染料染色后全自動計數儀操作。這里不建議用臺盼藍染色,再全自動計數的儀器,貴不貴不是最重要的,關鍵是不準確,且批次間可重復性太低,低到你崩潰。明明鏡下觀察活性相當客觀,為何全自動說細胞都掛了呢,不思其解。問了周圍的小伙伴,以及銷售器材的一些朋友,確實也有不少人碰到過這一情況。 最后,給大家提一些單細胞懸液制備的注意事項: 1) 針對具體組織類型選對酶,以及使用濃度;多種類型組織共存,可配置混合型酶反應液;提前摸索活性濃度; 2) 酶干粉配置母液時要含有Ca2+離子才能激活活性; 3) 需要預冷的,需要室溫的,或者需要37℃的,都提前準備好。一般情況下,酶消化用37℃,其他分離過程用4℃減少活性損失(包括離心); 4) 組織剪的越小,分離效果越好; 5) 離心機**是帶g的,300 g+5 min通用全程;不帶g的話,1000-1500rpm即可,轉速過高,細胞活性會受影響,碎片也越多。 |